常见的消毒方式都各有优缺点。

高温消毒是传统的消毒方式，采用红外线热辐射餐具表面，消毒柜内部温度达到120℃以上高温，保持15min以上，直接使细菌细胞内的蛋白质发生变质，导致细菌死亡，达到灭菌消毒的作用。优点是有较好的热效应，热传导速度快，穿透力强，消毒效果好。缺点也有一些，比如温度不均匀，存在杀菌死角；不适合不耐高温的餐具（塑料餐具变形融化、高档印花陶瓷餐具印花变色、脱落等问题）的消毒；高温降温慢，取拿餐具等待时间长；高温易使可挥发性物质分解，从而产生VOC及异味；高温易使易使消毒柜产品过烫，存在安全隐患，需要增加过热防护。

紫外线消毒通过波长为254nm的C波紫外线直接辐照餐具表面消毒，但存在不能辐照到餐具全部表面，存在死角，消毒效果具有一定的局限性。而且消毒效果随受污染物品与紫外线灯（消毒源）与的距离增大而减弱。但是跟高温消毒相比，紫外线消毒不会对餐具造成损坏，运行也比较安全，适用范围广。

臭氧消毒是通过强氧化剂臭氧直接作用到微生物，可直接杀灭各种微生物。跟紫外线消毒和高温消毒相比，臭氧有弥漫性，可以充满消毒物品，无空隙死角。但是臭氧具有刺激性气味，要注意臭氧残留的问题。而且杀菌效果受温度、相对湿度、臭氧浓度等因素影响较大。